Verhit de boter in een koekenpan en bak de uien glazig op laag vuur, voor ongeveer een uur. Roer af en toe om.
Blus de uien af met wat cognac, armagnac of rode wijn. Laat de alcohol vochtig worden.
Voeg de bouillon, het takje rozemarijn en de tijm toe. Laat ongeveer 2 uur sudderen met het deksel op de pan.
Verwarm de oven voor op 220° en rooster de plakjes stokbrood knapperig, maar niet bruin.
Haal de takjes uit de soep en verdeel de soep in hittebestendige kommen. Voeg per kom een of twee sneetjes brood toe en bedek ze met de geraspte Comté.
Zet de kommen in de oven en bak ze 10-15 minuten tot de kaas gesmolten is.